Les techniques pour estimer la biodiversité et les populations (1)

5. Qu'est-ce que la métagénomique et quelles informations peut-elle nous apporter pour le suivi de la santé des écosystèmes, de la santé animale et de la santé humaine ?

La métagénomique et l'ADN environnemental (ADNe) sont des techniques avancées qui permettent d'analyser l'ADN présent dans un échantillon environnemental pour identifier les organismes sans avoir besoin de les cultiver ou de les observer directement. Ces méthodes révolutionnaires fournissent des informations précieuses sur la biodiversité et la santé des écosystèmes, ainsi que sur la santé animale et humaine.

La métagénomique consiste à séquencer et à analyser l'ADN de tous les micro-organismes présents dans un échantillon, comme le sol, l'eau ou les sédiments. Par exemple, en analysant un échantillon d'eau d'un lac, on peut détecter la présence de diverses espèces microbiennes et évaluer leur abondance. Cette technique peut révéler des changements dans la composition microbienne, indiquant des perturbations écologiques telles que la pollution. Des études ont montré que des changements dans la diversité microbienne du sol peuvent signaler des impacts négatifs dus à des contaminations chimiques ou aux changements climatiques.

L'ADN environnemental (ADNe) se concentre sur l'analyse de fragments d'ADN laissés dans l'environnement par des organismes. Cette technique est particulièrement utile pour surveiller la présence et l'abondance des espèces, y compris celles qui sont difficiles à observer directement. Par exemple, en collectant et en analysant de l'ADNe dans une rivière, on peut identifier les espèces de Poissons osseux présentes, y compris celles qui sont rares ou difficiles à observer. Cela permet de suivre les populations d'espèces et d'évaluer la santé des écosystèmes aquatiques.

Pour la santé animale, la métagénomique et l'ADNe permettent de surveiller les pathogènes présents chez les Animaux domestiques ou sauvages. Par exemple, en analysant les excréments de bétail, on peut identifier des bactéries pathogènes comme E. coli ou Salmonella, cruciales pour prévenir les épidémies. De plus, en collectant de l'ADNe dans des habitats naturels, on peut détecter des virus ou des parasites émergents chez les Animaux sauvages, aidant ainsi à anticiper les risques de zoonoses, ces maladies transmissibles des Animaux aux Humains.

En termes de santé humaine, la métagénomique offre des informations précieuses sur le microbiome humain, c'est-à-dire l'ensemble des micro-organismes vivant dans notre corps. Par exemple, en analysant des échantillons de selles, on peut évaluer la diversité bactérienne de l'intestin, liée à de nombreuses conditions de santé, comme les maladies inflammatoires de l'intestin, l'obésité, ou même des troubles mentaux. De plus, la métagénomique peut être utilisée pour surveiller les pathogènes dans les hôpitaux et les communautés, facilitant la détection rapide des épidémies de maladies infectieuses.

En révélant les compositions et les dynamiques des populations, la métagénomique et l'ADNe aident à détecter les perturbations, à anticiper les risques sanitaires et à élaborer des stratégies de gestion plus efficaces.